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山奥にぽつんと建つ「ドライブインまほろば」。三十七歳の比奈子が一人で営むこの食堂に、小学６年生の男の子と年長の女の子の兄弟がやってきて、夏休みが終わるまで店に置いてくれ、と言う。比奈子はある夜、「義父を殺した」という憂の告白を耳にする。

戦後のロンドンで結婚相談所を営むアイリスとグウェンのもとに、一件の依頼が舞い込んだ。エリザベス王女が想いを寄せるフィリップ王子の母親のスキャンダルについて、極秘に調査をしてほしい、という。スキャンダルの真偽、そして脅迫犯を捜し出すべく、アイリスとグウェンの二人はロンドンの街を駆けめぐる。

静岡のゴミ屋敷で暮らす老女宅で火災が発生。焼け跡からは、老女ともう一人の若い女性の遺体が発見された。逮捕された男は２３年前の少女殺害事件でも逮捕されたが無罪となっていた。そして今回の事件でも釈放される。町で行われる一大イベントのパレードの当日、この男が殺害された。

三鷹市にある警視庁付属犯罪資料館、通称「赤い博物館」は事件の遺留品や証拠品を保管する施設。ここに配属された聡は友人から過去の事件の再捜査を依頼される。二十六年前に起こった奇妙な誘拐事件、その裏に隠されていた真実とは。

木挽町の芝居茶屋は、十七歳の若旦那・色男の喜八と兄弟分のクールな弥助、気の利いた料理を作る料理人の松次郎の三人で切り盛りしている小茶屋。ある日、松次郎が姿を消し、さらに松次郎の息子の奉公先で金が盗まれる事件が起こる。

人里離れた全寮制の学校。新しくここへやってきた生徒が行方不明になり、その後次々と殺人事件が発生。残された生徒たちは犯人を見つけることができるのか。そして彼らが世界中から集められた理由と、この学校の目的とは。

事情により「あのバス」に乗ってどこかへ連れていかれることになってしまった星野。恋人たちに別れを告げるため、監視役であり、体がとてつもなく大きく、信じられないような暴言を吐く女、繭美とともに、恋人たちとに別れの話を切り出すが…。

坂の下にある、見た目がケーキ屋さんのような、小さなお弁当屋さんには、愛想のない女店員がいる。お弁当を買いにやってくるのは、心にモヤモヤを抱えたお客たち。ポイントカードが貯まった彼らは、店員からちょっとしたおまけをもらう。

石川県の加賀刑務所は様々な罪を犯したものが収監されている。仮出所した模範囚が施設から失踪（「ヨンピン」）、暴力団から足を洗うトレーニング中に起きた入試問題流出事件（「Gとれ」）など、刑務官と受刑者の矜持と葛藤がぶつかり合う連作ミステリー。

東京駅の地下深くには、稀覯本ばかりを集めた「水底図書館」がある。貴重な本のオークション会場にもなっている。司書の未森は腕利きの古書ハンターの秋とともに、古書を守り、そしてふさわしい人物へとその知を届ける。